[工具]一个值得你了解的肿瘤研究神器

2019-09-24 12:43:00
admin
原创
10928
摘要

来源:小张聊科研公众号


头颈癌是全球第六大常见癌症,科研工作者们在过去的几十年里积累了大量注释良好的基因和药物数据。这为我们研究头颈肿瘤提供了便利,但一直缺乏一个系统性的工具将它们收集起来。近日,笔者看到中山大学肿瘤防治中心的一个研究团队在《Front Oncol》杂志上发表了个数据库工具——HNCDB,网址为http://hncdb.cancerbio.info/



作者在论文中谈到,他们在48324篇文献中找到了有关的基因信息,在40478篇文献中找到了有关的药物信息。8.8万篇文献信息,我只能表示震惊。下面我给大家介绍一下这个工具,相信大家在用这个工具的时候,也会有一个感受——真香。
网站首页上将工具分成了3个模块。基因,药物和分析。尽管在每个模块的开头,都有一个tutorial,但笔者还是来给大家介绍一下功能和基本的使用。


基因

作者在文中谈到总共有1173个头颈癌相关基因。大家可以在右上角的方框中进行搜索。


然后我们点击热图中的一个格子,进去查看详细情况。

可以看到基因的基本信息:


文献报道中基因所发生的一些异常情况,以及在头颈癌中的功能。

还有在这个数据集中,肿瘤组织和正常组织中的差异表达。不过笔者试了下,此处好像没有展示统计显著性,这点有些遗憾。不过在首页的AnalysisDifferential Expression Analysis功能中倒是有一个差异表达分析,大家可以去那里看看统计结果。

然后也展示了在不同数据集中的生存分析曲线:

以及dataset的相关信息

Drug部分

这部分也就是首页右上角的“Connectivity Map”功能,主要展示176种药物和1173个头颈癌基因之间的关系,关系通过“connectivityscore”的评分量化,分数越高,药物和基因之间的相关性越强。

点击热图中的小格子,可以查看药物的具体信息。

也可以查看药物在文献中的报道情况。后面也会展示基因的信息,展示的内容和上面一样。


Analysis部分这部分提供HPV阳性vs HPV阴性,肿瘤vs正常,吸烟vs不吸烟的分组方式进行比较。也将基因分coding基因和lncRNA进行比较。


点击submit显示如下


再点击“Show result table”显示结果表格


点击基因,可以显示box图,在此处有统计结果显示


在网站的statistics部分,有该网站所收集的数据信息的统计结果。大家可以看看。


工具就介绍到这里了,还是一个比较容易上手的工具,祝大家能挖到宝贝,早日发篇文章!
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